舟山博物馆是市级综合性博物馆，属国家所有社会公益性事业单位，成立于上世纪50年代后期，后因文革开始停办。1984年8月再次筹建舟山博物馆，把祖印寺作为博物馆馆舍，1986年10月开馆。90年代初为落实宗教政策把祖印寺归还佛协，舟山博物馆闭馆。1995年，舟山博物馆再次开始筹建，1998年馆舍落成，2000年迁入定海环城南路，2000年1月对外开放，占地面积5552平方米，建筑面积3693平方米，其中展厅面积为1350平方米。

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